Управление Федерального казначейства Министерства финансов России по Республике Башкортостан образовано на основе Соглашения от 19 февраля 1998 года, подписанного между Минфином РФ и Кабинетом Министров РБ. В настоящее время
УФК по РБ является юридическим лицом, находится в непосредственном подчинении Федерального казначейства. В ведомстве обслуживается 896 бюджетов, в том числе бюджет Башкортостана, девять бюджетов городских округов, 54 бюджета муниципальных районов, 832 бюджета городских и сельских поселений. В настоящее время в районах и городах республики функционирует 41 территориальный отдел органов казначейства.