Экологический туризм в Башкортостане представлен в природных парках «Иремель», «Мурадымовское ущелье». По экологическим маршрутам и тропам, действующим на этих ООПТ, ежегодно проходят более 30 тысяч туристов-спелеологов, а также любителей горных вершин. Популярность в туристической среде обрел новый эколого-культурный маршрут по мотивам народного башкирского эпоса «Урал-батыр» на территории природного парка «Иремель». В год 100-летия заповедной системы России планируется увеличить площадь особо охраняемых природных территорий республики. Идут работы по созданию природного парка
«Зилим», одному из природных объектов региона будет присвоен статус геопарка под эгидой ЮНЕСКО.