Промышленность республики перестраивалась к новым условиям. На заводах осваивался выпуск мин, снарядов, гранат, авиабомб и другой военной продукции. На Уфимском паровозоремонтном заводе начали выпускать бронеплощадки и бронепоезда, на нефтеперерабатывающих заводах - высокооктановые сорта бензина, автола, керосина, на Белорецком сталепроволочном заводе - авиационные тросы, пружины, Тирлянский металлопрокатный завод - высококачественные стальные листы.
Во время войны в республику эвакуировали более сотни промышленных предприятий, а также две Академии Вооруженных сил страны - Высшую академию Генерального штаба имени К.Е.Ворошилова (в Уфу) и Военно-политическую академию имени Ленина (в Белебей). Наркомавиапром в 1941 году перебазировал в Уфу десятки заводов, выпускающих продукцию для нужд фронта.
Вместе с предприятиями в республику прибывали эшелоны рабочих с семьями. Только в Уфу было принято около 106 тысяч эвакуированных. Всего в республику было эвакуировано 247 тысяч человек. Эвакуированное население обеспечивалось жильем, работой. Дети учились в школах, институтах.
Многие эвакуированные предприятия со своим оборудованием объединяли с местными в одно. Так, Запорожский, Гомельский, Изюмский, Станиславский паровозоремонтные заводы работали на Уфимском ПРЗ. Верхневолжский моторный завод работал на территории Уфимского моторостроительного завода. Калужская спичечная фабрика работала на Уфимской спичечной фабрике. Микашевичский фанерный комбинат из Белорусской ССР был объединен с Черниковским комбинатом.
Были объединены московские заводы «Электропровод» и «Металлорукав», подольский «Винилпровод», одесский «Электрошнур» и Харьковский электромеханический заводы. Электротехническая промышленность республики выпускала электрооборудование для танков и самолётов, приборы для военных кораблей, электроакустическую аппаратуру, аккумуляторные батареи и другие. К примеру, только один завод выпускал более 20 типов аппаратуры связи.
С участием эвакуированных моторных заводов, в том числе из города Рыбинска, в Уфе было создано авиационное моторостроение, ныне УМПО.
На базе эвакуированного Рубежанского химического комбината в Башкортостане была создана химическая промышленность. В Уфе стали выпускать соляную кислоту, соду, хлор, хлорбензол. Был сдан в эксплуатацию завод натурального каучука.
На основе эвакуированных в Уфу заводов «Красный треугольник» из Ленинграда и «Резинотехника» из Ярославля был создан Уфимский завод резинотехнических изделий. Завод выпускал для Военно-морского флота аэростаты заграждения, надувные десантные лодки, понтоны и водолазные костюмы.
За годы войны возникли новые предприятия лёгкой промышленности. В республике работало много фабрик по шитью обмундирования и обуви для нужд Красной Армии и Военно-морского флота. А в Уфе находился вещевой склад Военно-морского флота № 200333. Сшитое в республике обмундирование распределяли по флотам.
В эти же годы в республике начали активно добывать местное топливо (природный газ, торф, бурый уголь). К открытым до войны месторождениям нефти в 1943 году добавилось Кинзебулатовское месторождение.
В первые же дни войны ушедших на фронт рабочих заменили пенсионеры- ветераны труда, женщины и дети подросткового возраста. К примеру, в Белорецком металлургическом комбинате женщины составляли 60% от общего числа рабочих, а в Миндякской золотодобывающей фабрике женщин было около 80%.
За 1941-1944 годы из республики на фронт отправились 362 вагона с подарками. Было собрано свыше 83 тысяч пар валенок, 21 тысячи полушубков, более 29 тысяч ватных курток и брюк, три тысячи меховых жакетов, 35 тысяч шапок-ушанок и других тёплых вещей для фронтовиков.
Помимо этого, население республики добровольно направляло деньги на строительство авиаэскадрилий «Башкирский истребитель», «25 лет Башкирской АССР», «Комсомолец Башкирии», «Салават Юлаев», «Башкирский нефтяник», «Белорецкий металлург», танковых колонн «Учитель Башкирии» и других. Всего на производство вооружения и техники для Красной Армии и Военно-морского флота рабочие республики отправили 255 миллионов рублей.