За годы войны очертания башкирской столицы сильно изменились. В 1944 году к городской территории присоединился железнодорожный поселок Дема – указом Президиума Верховного Совета РСФСР 6 марта появился Демский район Уфы.
А вот Сталинский район Уфы (так называлась до войны территория Черниковки), напротив, был выделен в отдельный город. Главной причиной такого решения стало бурное развитие промышленности в северной части города.

В 1956 году Черниковск, в территорию которого входили часть села Богородского (будущий ИНОРС), Максимовка, Сипайлово, Курочкино и другие деревни, снова присоединили к Уфе. Численность населения объединенных городов в то время составляла около 500 тысяч человек.

Исполком Коммунистического интернационала работал в Уфе с октября 1941 по май 1943 года. Именно отсюда вели антифашистскую пропаганду генеральные секретари компартий Пальмиро Тольятти (Италия), Морес Торез (Франция), Клемент Готвальд (Чехословакия), Долорес Ибаррури (Испания) и другие известные руководители коммунистического движения со всего мира.

В Уфе Исполком «поселили» в здание Дворца пионеров на углу Революционной и Ленина. До 1937 здесь размещалось Коммерческое училище (сейчас это один из корпусов Авиационного техникума).

В годы войны в БАССР было эвакуированы около сотни предприятий. Многие из них объединились с уже существовавшими в Уфе: на базе Уфимского паровозоремонтного завода разместились станки, прибывшее из Запорожского, Гомельского, Станиславского паровозоремонтных заводов; на площадке нефтеперерабатывающего завода установили оборудование, эвакуированное из Грозного и Краснодара; Калужская спичечная фабрика объединилась с уфимской… Один из крупнейших «десантов» представлял из себя сотрудников рыбинского авиамоторного завода – в годы войны эвакуированное предприятие размещалось на площадках дублера» - Уфимского моторостроительного объединения.

«Уфимские страницы» жизни переселенцев подробно описывал в своей книге рыбинский журналист Адольф Павлов.

Из 33 тысяч человек, которые в годы ВОВ работали на Уфимском моторном заводе, две трети были эвакуированные: почти 12 тысяч рыбинцев, 4,5 тысячи ленинградцев, больше пяти тысяч представителей других областей и только семь тысяч местных. Если в довоенные годы завод специализировался на производстве двигателей для зерноуборочных комбайнов, то в годы войны здесь выпускались уже двигатели для истребителей и бомбардировщиков.
На нужды фронты работали все без исключения предприятия: нефтеперерабатывающие заводы выпускали топливо, предприятия легкой промышленности обшивали воинов гимнастерками, а на паровозоремонтном заводе выпускали бронепоезда.

Первый, «Александр Невский», был построен в 1942 году. 29 июня 1943 года он был передан Красной Армии. Также здесь были построены бронепоезда «Полководец Суворов», «Уфа» и «Салават Юлаев».

Эвакогоспитали появляются в Уфе почти сразу после начала войны. Один из первых был сформирован госпиталь №1741, он разместился в здании по улице Тукаева.

Всего в республике в годы войны работали около 20 эвакогоспиталей. За это время лечение здесь прошли более 218 тысяч раненых, было сделано почти 67 тысяч операций – прооперирован был каждый третий. Случаи, как правило, были тяжелые – «легких» больных лечили недалеко от линии фронта.

В годы Великой Отечественной войны в Уфу было эвакуировано более 100 тысяч человек (при довоенной численности населения в 250 тысяч). Так нашими земляками стали, например, писатель Сергей Довлатов и дирижер Владимир Спиваков – оба они родились в Уфе в эвакуации.

Вместе с супругой в маленьком доме на улице Амурской в начале войны жил и писатель Андрей Платонов. Из романа Довлатова «Ремесло» мы знаем о том, что у Платонова в Уфе пропали рукописи: «Я часто думаю про вора, который украл чемодан с рукописями. Вор, наверное, обрадовался, завидев чемодан Платонова. Он думал, там лежит фляга спирта, шевиотовый мантель и большой кусок говядины…».

Платонов Уфу не любил. В своих дневниках называл ее «странным городом», «врагом прекрасного», «ненавидимым местными жителями». Впрочем, в тех же записных книжках писатель называет Уфу «поэтической» и замечает: «Внешне город очень красив: холмы, близость Сибири и Урала, огромный чистый континент».

Как известно, в годы ВОВ Уфа превратилась в крупный научный и промышленный центр – сюда были эвакуированы институты и многие заводы. Также военные годы пережидали в Уфе и коллекции из целого ряда украинских музеев – около двух тысяч экспонатов из Одессы, Киева и других городов. Эвакуированные коллекции расположились в Башкирском государственном художественном музее, который был создан по инициативе Михаила Нестерова и который позже назовут в его честь.

Несмотря на трудности военной жизни, культурная жизнь в начале 1940-х в Уфе переживала настоящий расцвет - во многом благодаря эвакуированным в Башкирию представителям искусства.

О победе СССР над фашистской Германией по радио сообщили в четыре утра по уфимскому времени. По всей стране начались стихийные митинги, в том числе и в Уфе и других населенный пунктах республики. Небольшие заметки об этом публиковала газета
«Красная Башкирия».